Dalam biologi molekuler, dua nukleotida dalam RNA atau DNA yang saling komplementer yang terhubung oleh ikatan hidrogen disebut
pasangan basa (bahasa Inggris:
base pair sering disingkat bp).
Dalam
pasangan basa Watson-Crick, adenin (A) membentuk pasangan basa dengan timin (T), sementara guanin (G) dengan sitosin (C) dalam DNA. Pada RNA, timin (T) digantikan oleh uracil (U).
Pasangan basa juga merupakan mekanisme dasar bagi kodon pada mRNA untuk dikenali oleh tRNA pada saat translasi dalam pembentukan protein.
Pasangan basa guanin dan sitosin yang terhubung dengan tiga ikatan hidrogen
Pasangan basa adenin dan timin yang terhubung dengan dua ikatan hidrogen
